Gagasan pendirian observatorium di Unismuh Makassar diumumkan pada Juli 2021 oleh Rektor Prof. Dr. H. Ambo Asse, M.Ag. Lantai 18 Menara Iqra dipilih sebagai lokasi karena merupakan titik tertinggi kampus dengan pandangan ufuk yang luas.

Pada Juni 2022, Gubernur Sulawesi Selatan Andi Sudirman Sulaiman memberikan bantuan sebesar Rp650 juta untuk mendukung pembangunan observatorium yang total anggarannya diperkirakan sekitar Rp2 miliar.

Pada awal 2023, dua kubah observatorium buatan Polandia dipasang di puncak Menara Iqra, lengkap dengan pelatihan pengoperasian dari pihak penyedia. Observatorium kemudian mulai beroperasi pada 22 Maret 2023 dengan pemantauan hilal 1 Ramadan 1444 H yang dirangkaikan dengan peresmian oleh Rektor.

Hanya sebulan berselang, pada 20 April 2023, observatorium memantau gerhana matahari hibrida bersama ratusan sivitas akademika yang melaksanakan salat gerhana. Pada 28 April 2023, Gubernur Sulawesi Selatan meresmikan observatorium dalam rangkaian Syawalan Muhammadiyah Sulawesi Selatan.

Sejak itu observatorium menjadi lokasi rutin rukyatul hilal Kementerian Agama, menjalin kerja sama dengan Telescope Indonesia, menerima kunjungan BMKG, USIM Malaysia, sekolah, dan pesantren, serta melakukan studi banding ke OIF UMSU untuk pengembangan layanan.